Balai Pendidikan dan Pelatihan Keagamaan Ambon adalah Unit Pelaksana Teknis Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama yang berkedudukan di daerah dan mempunyai tugas melaksanakan Pelatihan Administrasi, Pelatihan Teknis Pendidikan dan Pelatihan Teknis Keagamaan bagi pegawai di lingkungan Kementerian Agama Provinsi Maluku dan Maluku Utara dengan berpedoman kepada kebijakan Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan serta Pendidikan dan Pelatihan Kementerian Agama.

Tujuan penyelenggaraan pelatihan adalah sebagai berikut :

1. Meningkatkan pengetahuan, keahlian, keterampilan dan sikap pegawai untuk dapat melaksanakan tugas jabatan secara profesional yang dilandasi kepribadian dan kode etik pegawai sesuai dengan kebutuhan Kementerian Agama;
2. Menciptakan aparatur yang mampu berperan sebagai pembaru dan perekat persatuan dan kesatuan bangsa;
3. Memantapkan orientasi sikap dan semangat pengabdian yang berorientasi kepada pelayanan, pengayoman, dan pemberdayaan masyarakat; dan
4. Menciptakan pegawai yang berkualitas, profesional, berintegritas, dan bertanggungjawab.
   

Dalam pelaksanaan tugasnya, Balai Diklat Keagamaan Ambon menyelenggarakan pelatihan dengan berbagai pola, yakni penyelenggaraan pelatihan secara klasikal tatap muka, yang berarti peserta diundang untuk mengikuti pelatihan ke Balai Diklat Keagamaan Ambon ataupun Balai Diklat Keagamaan Ambon  mendatangi wilayah kerjanya dengan menyelenggarakan pelatihan di wilayah kerja (PDWK). Selain diselenggarakan secara klasikal, pelatihan di Balai Diklat Keagamaan Ambon juga diterapkan dengan berbasis daring melalui situs manajemen pelatihan jarak jauh.

Dengan melaksanakan berbagai bentuk pelatihan diharapkan tujuan penyelenggaraan pelatihan dapat tercapai.